自治体学会では、毎年1回、開催地の自治体と連携して、自治体学会全国大会を開催しています。

大会の運営は、1日目は地元自治体が主催して全国自治体政策研究交流会議を開催し、2日目は自治体学会が主催して大会を開催する形が、一般的な形となっています。

また、自治体学会の大会には、会員であるかないかを問わず、市民、行政職員、研究者、議会議員のどなたでも大会に参加することが出来ます。

毎年、その時々の重要なテーマについて、幅広い分野にわたる議論が交わされています。